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          科學(xué)島新聞網(wǎng)
          科學(xué)島團隊揭示新型DNA鏈置換反應實(shí)現G四鏈體重組裝
          可為DNA納米材料領(lǐng)域研究提供新的理論和實(shí)踐基礎
          文章來(lái)源: 胡文萱 發(fā)布時(shí)間: 2023-09-12

            近期,中國科學(xué)院合肥物質(zhì)院強磁場(chǎng)中心張鈉研究員課題組依托穩態(tài)強磁場(chǎng)實(shí)驗裝置(SHMFF),首次揭示G四鏈體中自發(fā)進(jìn)行基于非經(jīng)典Hoogsteen氫鍵配對的新型DNA鏈置換反應,實(shí)現G四鏈體重組裝。團隊解析了首個(gè)由一條靶標鏈和兩條富G短鏈探針構成異三聚G四鏈體的核磁共振溶液結構。研究成果發(fā)表在國際期刊Journal of the American Chemical Society

            DNA鏈置換反應通常基于經(jīng)典Watson-Crick堿基配對原則,以一條DNA單鏈將另一條序列相似的目標DNA單鏈從所處的DNA雙螺旋結構中置換出來(lái)。這種在DNA雙鏈螺旋結構中進(jìn)行的常規鏈置換反應,已被廣泛應用于納米分子組裝、生物傳感器、基因診斷與分子治療等領(lǐng)域。

            不同于DNA經(jīng)典雙螺旋結構, G四鏈體是由富含鳥(niǎo)嘌呤G的核酸序列折疊而成的獨特拓撲結構,在人類(lèi)基因組中分布廣泛,備受生物、醫藥等領(lǐng)域關(guān)注。G四鏈體具有豐富的結構多樣性,根據核酸鏈聚集度,可分為單聚、二聚或四聚G四鏈體,極少有關(guān)于三聚G四鏈體的研究報道。G四鏈體結構具有優(yōu)良的穩定性,通常不與其他富G序列進(jìn)行鏈置換,長(cháng)期以來(lái)G四鏈體一直被認為對富G鏈置換反應有惰性。

            源于人類(lèi)微管蛋白 2基因啟動(dòng)子區的DNA序列Tub10 d(CAGGGAGGGT)在K+溶液中完全折疊成具有良好熱穩定性(Tm值57.7 C)的全平行自二聚G四鏈體。在本研究中發(fā)現,盡管該G四鏈體在室溫下足夠穩定,但它在新型Hoogsteen氫鍵配對的鏈置換反應中并非惰性,而是能作為起始反應物自發(fā)地接受雙份富G短鏈探針P1 d(TGGGA)的鏈置換進(jìn)攻,獲得由一條靶標鏈Tub10和兩條探針鏈P1構成的全平行異三聚G四鏈體終產(chǎn)物 Tub10/2P1,成功實(shí)現G四鏈體重組裝。

            研究人員利用液相核磁共振技術(shù)對其全原子精細結構進(jìn)行了解析,揭示了不同DNA富G序列在相互識別時(shí)存在著(zhù)靶標鏈與探針鏈之間獨特的1:2結合模式;富G短鏈探針P1與傳統反義探針相比具有更高的結合特異性,能特異性識別全平行二聚G四鏈體;富G短鏈探針P1還可以同時(shí)進(jìn)攻雙螺旋中的富G鏈與富C鏈,自發(fā)地將Tub10從雙鏈螺旋中捕獲出來(lái),形成異三聚G四鏈體產(chǎn)物Tub10/2P1

            本研究揭示了由雙份富G短鏈探針同時(shí)參與基于Hoogsteen氫鍵配對方式自發(fā)進(jìn)行的新型鏈置換反應,拓展、補充了由Watson-Crick配對介導的常規核酸鏈置換反應,突破了G四鏈體呈現富G鏈置換惰性的傳統認知;為DNA納米材料領(lǐng)域研究提供新的理論和實(shí)踐基礎,解決目前多為相同富G鏈自組裝的不足,有利于獲得更復雜、更多功能的全新納米組裝結構;還為靶向G四鏈體的新型富G探針設計開(kāi)辟了新思路。

            強磁場(chǎng)中心博士研究生胡文萱與博士后景海濤為本論文的共同第一作者,北京大學(xué)周江教授署名合作,強磁場(chǎng)中心張鈉研究員為通訊作者,該研究獲得了國家自然科學(xué)基金、國家重點(diǎn)研發(fā)計劃等項目的經(jīng)費資助。

            文章鏈接:https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jacs.3c05617 

           

            1:雙份富G短鏈探針與自二聚G四鏈體起始物通過(guò)新型Hoogsteen鏈置換反應重新組裝成異三聚G四鏈體 

           

            2:異三聚G四鏈體Tub10/2P1的核磁共振溶液結構 

             
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