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          科學(xué)島基因組學(xué)團隊研發(fā)面向CRISPR的綜合分析預測工具及平臺

          作者:孫曉君發(fā)布時(shí)間:2023-06-01【打印】【關(guān)閉】

            近日,中科院合肥物質(zhì)院健康所基因組學(xué)團隊張帆研究員研發(fā)了名為CRISPRimmunity的分析服務(wù)平臺,它是一個(gè)識別CRISPR相關(guān)重要分子事件及用于基因編輯調節器的交互式網(wǎng)絡(luò )服務(wù)器。該研究成果發(fā)表在國際著(zhù)名期刊Nucleic Acids Research上。 

            CRISPRimmunity是一個(gè)全新的、用戶(hù)界面友好的網(wǎng)絡(luò )服務(wù)器,旨在提供面向CRISPR的一站式綜合分析服務(wù)平臺,全面注釋CRISPR-Cas系統與Anit-CRISPR系統共進(jìn)化過(guò)程中關(guān)鍵分子事件,準確預測Anti-CRISPR蛋白,從頭識別新型II類(lèi)CRISPR-Cas基因座,基于CRISPR陣列信息預測細菌與可移動(dòng)元件(噬菌體、質(zhì)粒)之間的相互作用,從更加綜合地進(jìn)化視角理解CRISPR-Cas系統和anti-CRISPR系統 

            CRISPR-Cas系統是自然界中原核生物長(cháng)期演化過(guò)程中所形成適應性免疫系統,該系統通過(guò)RNA介導的DNA降解抵御外源基因入侵,能夠實(shí)現高度靈活的特異性靶向,成為現有基因編輯和基因修飾中效率最高、最簡(jiǎn)便、成本最低的技術(shù)之一。新型CRISPR-Cas相關(guān)蛋白及Anti-CRISPR蛋白的發(fā)現,將進(jìn)一步加深我們對CRISPR-Cas系統在原核生物中的作用理解,擴展在其他細胞和生物體中進(jìn)行基因組編輯應用的工具盒。但目前可用的CRISPR-Cas相關(guān)數據資源僅僅關(guān)注CRISPR-Cas系統或anti-CRISPR統中的特定領(lǐng)域,忽視兩者之間的共同進(jìn)化關(guān)系,因此提供的信息與服務(wù)有限,并且缺乏識別新型II類(lèi)CRISPR-Cas系統的可用方法。 

            因此,課題組研發(fā)了面向CRISPR-Cas系統與Anti-CRISPR系統的綜合分析預測平臺——CRISPRimmunity。該平臺構建了一系列面向CRISPR相關(guān)信息的自定義數據庫,注釋已知的Anti-CRISPR蛋白和Anti-CRISPR相關(guān)蛋白、II類(lèi)CRISPR-Cas系統、CRISPR陣列類(lèi)型、HTH結構域和可移動(dòng)遺傳元件,以剖析CRISPR-Cas系統與anti-CRISPR系統共進(jìn)化中關(guān)鍵分子事件;綜合了同源分析、關(guān)聯(lián)分析及原噬菌體區域中自靶向事件等多種策略預測Anti-CRISPR蛋白以提高預測的準確性,在99個(gè)經(jīng)實(shí)驗驗證的Acrs676個(gè)非Acrs的數據上對CRISPRimmunity進(jìn)行測試,Anti-CRISPR蛋白預測準確率達到0.997;首次提供了II類(lèi)CRISPR-Cas基因座的從頭預測算法,鑒定了4個(gè)具有不同PAM結構域的Cas91個(gè)更小的Cpf161個(gè)C2c103個(gè)未分類(lèi)的全新的VCas蛋白,其中一部分CRISPR-Cas基因座已經(jīng)在體外經(jīng)實(shí)驗驗證了活性。 

            CRISPRimmunity網(wǎng)絡(luò )服務(wù)器精心設計了圖形用戶(hù)界面,提供多種可視化、自定義設置選項和可導出機器可讀格式的詳細結果、詳細教程,以便不同需求的用戶(hù)使用;同時(shí)提供了在NCBI數據庫中18,408株完全測序的細菌及235株含Acr的細菌及208,209株人類(lèi)腸道微生物中預注釋的CRISPR相關(guān)重要分子事件的瀏覽及下載,為未來(lái)的實(shí)驗設計和進(jìn)一步的數據分析提供參考。此外,CRISPRimmunity提供了本地化版本為計算生物學(xué)家批量數據挖掘提供便利。 

            該研究工作受到國家自然科學(xué)基金委、黑龍江省頭雁團隊原創(chuàng )探索基金、騰訊科學(xué)基金、新基石研究員基金和哈工大青年科學(xué)家工作室等基金的資助。 

            文章鏈接: https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkad425/7175359 

            CRISPRimmunity平臺鏈接:http://www.microbiome-bigdata.com/CRISPRimmunity/index/ 

            

            CRISPRimmunity預測分析框架 

            

            預測的Cj2Cas9所識別的PAM序列的高通量測序分析 

            

            CRISPRimmunity結果可視化 

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