近日，中國科學(xué)院合肥物質(zhì)院健康所基因組學(xué)團隊在轉移性癌原發(fā)部位溯源領(lǐng)域取得新進(jìn)展，開(kāi)發(fā)了一種基于福爾馬林固定石蠟包埋（FFPE）樣本DNA甲基化信息的預測轉移性癌癥原發(fā)部位的方法。相關(guān)研究結果表在國際期刊Nature Communications 上。 

　　識別癌癥的原發(fā)部位對于癌癥續治療至關(guān)重要。過(guò)去二十年中，針對腫瘤抗原的免疫組織化學(xué)（IHC）為最常用的檢測手段，但是該技術(shù)易受抗體質(zhì)量及人為因素的影響，僅能夠判定50-65%的轉移癌的原發(fā)部位。約有3-9%的轉移癌在臨床上經(jīng)系列檢查和檢測仍然無(wú)法確定其原發(fā)部位，被稱(chēng)為原發(fā)灶不明腫瘤（CUP）。因此，開(kāi)發(fā)精準的CUP組織溯源方法意義重大。 

　　由于DNA甲基化呈現出較強的組織特異性，是組織溯源理想的分子標志物，此前健康所基因組學(xué)團隊學(xué)科帶頭人谷紅倉研究員曾報道簡(jiǎn)化DNA甲基化測序的技術(shù)（RRBS）（Gu et al., Nature Methods, 2010, Gu et al., Nature Protocols, 2011)。在此基礎上，谷紅倉研究員帶領(lǐng)團隊開(kāi)發(fā)了一種使用FFPE樣本生成DNA甲基化圖譜庫的技術(shù)（FFPE-RRBS），該技術(shù)能夠檢測納克級高度降解DNA。研究人員首先對10種常見(jiàn)腫瘤的新鮮凍存樣本進(jìn)行了RRBS測序，構建了高質(zhì)量的原發(fā)灶訓練集（n=498）。同時(shí)，利用轉移癌的FFPE組織構建了獨立的轉移灶驗證集（n=215）。接下來(lái)，研究人員利用四種甲基化評估方法和七種機器學(xué)習方法構建了28個(gè)分類(lèi)器，其中基于平均甲基化的線(xiàn)性支持向量機（BELIVE）表現最佳，在轉移灶驗證集上總體準確度（AUC）達到0.95。最后，研究者進(jìn)行了前瞻性研究，對68名CUP患者的FFPE樣品進(jìn)行了判定，敏感度達到81%（top-1）；其中前三名CUP患者的預測結果（top-3）敏感度可達93%。 

　　中國科學(xué)院合肥物質(zhì)院健康所谷紅倉研究員，中國科學(xué)院分子細胞卓越創(chuàng )新中心石建濤研究員，杭州市腫瘤醫院馬勝林教授為本文的通訊作者。該研究工作受到國家自然科學(xué)基金、浙江省和國家衛健委等多個(gè)項目資助 。 

　　文章鏈接：https://www.nature.com/articles/s41467-023-41015-0 

　　圖1 研究流程圖 

　　圖2 FFPE-RRBS構建protocol